Cytoscape的网络模块化
Cytoscape的网络模块化是指在生物网络分析中，通过算法识别网络中具有紧密内部连接但与外部连接较弱的子图结构，这些子图即为模块或社区。在Cytoscape中，网络模块化分析常用于揭示基因调控、蛋白质互作等复杂系统中的功能单元。该功能主要依赖于内置的模块检测算法，如Louvain、Infomap和Modularity Optimization，用户可通过插件（如ClusterMaker2）实现模块化分析的可视化与交互。
- Cytoscape的网络模块化
首先，在Cytoscape中加载一个生物网络数据文件，例如从BioGRID、STRING或GeneMANIA等数据库导出的节点-边关系文件（支持SIF、XGMML、CSV等格式）。确保网络数据已正确导入并显示在画布上。随后，进入「Apps」菜单，选择「App Manager」，检查是否安装了「ClusterMaker2」插件。若未安装，点击「Available Apps」搜索并安装该插件。安装完成后，返回主界面，点击「Tools」→「ClusterMaker2」→「Cluster Analysis」，启动模块化分析流程。 - Cytoscape的网络模块化
在ClusterMaker2界面中，选择「Network-Based Clustering」选项卡，然后在算法列表中选择适合的模块检测算法，如「Louvain」或「Infomap」。这些算法基于网络拓扑结构自动划分模块，其中Louvain算法适用于大规模网络，计算效率高；Infomap则更注重信息流路径，能发现层次化模块结构。设置好参数后，点击「Run」开始分析。分析过程中会生成多个候选模块，每个模块以不同颜色标注在原网络中，便于视觉区分。 - Cytoscape的网络模块化
分析完成后，可对模块结果进行进一步处理。在「Results」面板中，可以查看每个模块的大小、内部连接密度、模块间连接强度等统计信息。用户可通过调整阈值（如模块最小节点数、模块间连接权重）来筛选有意义的模块。此外，可将模块结果导出为表格文件（如CSV），用于后续的生物学注释分析，如富集分析（GO、KEGG）或功能关联研究。也可使用「Layout」功能重新排列模块位置，使网络结构更清晰。 - Cytoscape的网络模块化
为了深入理解模块的功能意义，建议结合外部数据库进行注释。在Cytoscape中，可通过「Plugins」→「BioMart」或「GeneCards」等工具，将模块内的节点（通常是基因或蛋白）映射到其功能类别、通路归属或表达模式。同时，利用「Style」功能，根据模块标签动态改变节点颜色、大小或形状，实现多维信息的可视化展示。最后，可将整个模块化分析结果保存为项目文件（.cys），或导出为图像（PNG、SVG）用于论文或报告。若需共享分析流程，还可通过「Workflow」功能记录操作步骤，实现可重复性分析。
软件页面：Cytoscape。